W ramach CBE funkcjonują następujące zespoły robocze:

  • Monitoring kulturowo-społeczno-ekonomiczny pogranicza polsko-niemieckiego – badania, publikacje;

  • Krajobraz historyczno-kulturowy pogranicza polsko-niemieckiego – wystawy, seminaria, promocje;

  • Bezpieczeństwo transgraniczne w kontekście funkcjonowania Strefy Schengen;

  • Pozyskiwanie środków zewnętrznych oraz zarządzanie projektami;

  • Projekty szkoleniowe oraz staże.